La PUCMM cuenta con varios programas de investigación e innovación que responden a su misión de "buscar soluciones científicas a los desafíos que enfrenta el pueblo dominicano y su entorno global". Programa de Investigación en Materiales Nanoestructurados (NANOCARBON), Programa de Investigación en Electrónica Aplicada a Sistemas Inteligentes (PIELASI), Programa de Investigación en Neurociencias y Conducta (PINC), Programa de Investigaciones Silviculturales, Ambientales y de Cambio Climático (PISACC), Programa de Investigación Emociones, Salud y Ciberpsicología